Fundada em 25 de março de 1957, a entidade foi criada com o nome de Confederação Nacional dos Trabalhadores em Transportes Marítimos, Aéreos e Fluviais. Em 1998, após revisão estatutária, foi adotado o nome atual: Confederação Nacional dos Trabalhadores em Transporte Aquaviário e Aéreo, na Pesca e nos Portos.