Desde setembro de 2004 o setor conta com um fórum, no ámbito federal, para debater a elaboração e o acompanhamento de políticas para a área. Uma cerimônia no Palácio do Planalto marcou a posse da primeira gestão do Conselho Nacional de Aquicultura e Pesca, o Conape. O Conselho é um espaço onde sociedade civil e o Estado discutem os problemas do setor pesqueiro, na busca de soluções. O Conape é um instrumento de auxílio à Secretaria Especial de Aqüicultura e Pesca, a Seap, na formulação de políticas para o setor e faz o acompanhamento das ações desenvolvidas pelo Governo Federal com o intuito de promover o desenvolvimento sustentável da atividade no país.
O Conape é composto por 54 membros, sendo 27 de órgãos da administração federal e 27 de entidades da sociedade civil organizada e tem caráter consultivo. Nele estão presentes representações de pescadores, aquicultores, empresários, armadores, pesquisadores e dos ministérios que têm intersecção com a área da Aquicultura e pesca. Dentre suas atribuições, o Conselho tem como objetivos subsidiar a formulação o e a implementação de políticas públicas estruturantes, de competência da Seap, com base nos objetivos e metas estabelecidos; propor estratégias de acompanhamento, monitoramento e avaliação, bem como de participação no processo deliberativo de diretrizes e procedimentos das políticas relacionadas com o desenvolvimento e o fomento das atividades da aqüicultura e da pesca no território nacional; estimular a ampliação e o aperfeiçoamento dos mecanismos de participação e controle social, por intermédio de uma rede nacional de órgãos colegiados estaduais, regionais e municipais, visando fortalecer o desenvolvimento e o fomento das atividades de aqüicultura e pesca.
A CONTTMAF faz parte deste Conselho, representada por seu Presidente, Severino Almeida e por Luís Demetrio Araújo Filho. Já a FNTTAA também o congrega, sendo representada pelo seu Presidente Ricardo Leite Goulart Ponzi, pelo Diretor Luiz Rodrigues Leite Penteado e pelos suplentes Antônio Moreira da Silva, Paulo César Abrahão e Aroldo Bandeira Ribas.