A denúncia feita pela CONTTMAF ao Tribunal de Contas da União, que apontou graves desvios de dinheiro e conduta por parte da subsidiária para transportes marítimos da Petrobras, a Transpetro, tem gerado uma série de desdobramentos. Um deles é a investigação paralela do jornal fluminense O Globo, que em matéria publicada no dia 26 de fevereiro revelou que a companhia fechou pelo menos 16 contratos sem licitação em 2010. Um destes documentos foi firmado com a fabricante de mangueiras marítimas Flexomarine, que está sob investigação da Secretaria de Direito Econômico do Ministério da Justiça, por participação em cartel internacional.
Entre os desvios apontados pela Confederação, além da denúncia de superfaturamento em itens diversos de produtos utilizados nos navios da frota da empresa, estão as irregularidades administrativas que vieram à tona a partir da pane ocorrida com o N/Livramento em julho de 2010. Na ocasião, em meio à travessia do Brasil para a China a embarcação ficou à deriva no Oceano Índico, com pouco suprimento a bordo e em uma área sujeita a intempéries e suscetível a ataques piratas, o que colocou em risco os 33 tripulantes e o navio.
O dossiê feito pela CONTTMAF gerou um processo que corre na 9ª Secretaria de Controle Externo do TCU (Secex-9).
